Teatr rozpoczął działalność w 1945 roku jako Poznański Teatr Marionetek. Działał jako Teatr Aktora i Lalki (1946–49), Teatr Młodego Widza (1949–53), Teatr Lalki i Aktora (1954–57, 1974–89), Teatr Lalki i Aktora „Marcinek” (1957–74). Od 1 września 1989 pod nazwą Teatr Animacji. Pierwsza siedzibą była kamienica przy ul. Armii Czerwonej (aktualnie ul. św. Marcin). Obecnie siedziba mieści się w Zamku Cesarskim Wilhelma II, wybudowanym w latach 1905–10. Projektantem był Franz Schwechten.